У склопу мониторинга обављају се послови планирања развоја и надзора над функционисањем државне мреже станица за мониторинг квалитета вода. Врши се узорковање површинских и подземних вода, презервација узорака, теренско физичко-хемијска и хемијска анализа узорака вода. Такође врши се узорковање вода за потребе микробиолошких анализа и учествује у узорковању узорака за потребе одређивања параметара који су индикативни за све биолошке елемената квалитета и у узорковању за параметре који су индикативни за све хидроморфолошке елемента квалитета. Врши узорковање и припрему седимента за даљу анализу.Анализира, контролише и архивира прикупљене података о квалитету вода у базу података. Израђује извештаје и даје оцену стања квалитета вода у складу са домаћим и страним прописима. Учествује у изради периодичних и годишњих извештаја. Прикупља, уноси и контролише податаке за потребе ажурирања WEB-site на дневном недељном, месечном и годишњем нивоу. Учествује у развоју базе података квалитета вода.